Si u kthye plot lavdi prej fushatës s'Italisë, Skënderbeut iu desh t'iu bënte ballë furtunavet që po përplasëshin mbi Shqipërinë. Sulltani zu t'i dërgonte ushtëritë njërën pas tjetrës. Venetiku, i shqetësuar nga riforcimi i miqësisë ndërmjet Skënderbeut dhe mbretit të Napolit, rifilloi provokimet e vjetra.
Në verën e vitit 1462, tri ushtëri turke iu vërsulën Shqipërisë njëra pas tjetrës, por që të tria u mundën prej Skënderbeut. E para, prej 30.000 vetash, u thye në grykat e Mokrenës, më 27 Gusht 1462, dhe kumandari i saj, Hysen Beu u zu rob. E dyta, prej 18.000, u dërrmua pak ditë më vonë në fushën e Pollogut, dhe e treta, prej 40.000, në kumandën e Karaxha Beut, u mund në muajin e Shtatorit, në Livad, afër Ohrit.
Por gjer kur do të vazhdonte kjo gjakderdhje e paprerë? Turqia ishte një perandori e madhe me fuqi njerëzore dhe mjete ekonomike të pashterrshme. Kurse Shqipëria e vogël ishte shkretuar dhe varfëruar anembanë. Siç thotë Gjin Muzaka në Gjenealogjinë, forcat e Turqvet shtohëshin gjithnjë kurse ato të Shqiptarëvet pakësohëshin. Pothuajse të tërë djemtë e rinj të Shqipërisë ishin vrarë; shumë kapedanë dhe trima kishin dhënë jetën; s'kishin mbetur veçse ca pleq të pakët, të lodhur të mjeruar.
Megjithë përpjekjet e Papës Piu II, ideja e një kryqëzate të përgjithshme, pas kaq dështimesh, dukej e pabesuarshme. Shqipëria kishte nevojë për paqe pas njëzet vjetësh lufte të paprerë. Nga ana tjetër, Sulltan Mehmeti II, për t'a mënjanuar Shqipërinë prej ndonjë bashkimi evropian dhe për t'ia hequr kryqëzatës shtyllën më të fortë, i propozoi paqen Skënderbeut. Ky, i detyruar nga rrethanat, e pranoi, dhe paqja me Turqinë u nënshkrua në Shkup, më 27 të Prillit 1463.
Por paqja shqiptaro-turke nuk u prit mirë prej Papës as prej Republikës së Venetikut. Piu II përpiqej gjithnjë për organizimin e kryqëzatës, në të cilën Skënderbeu duhej t'ishte figura kryesore. Kurse Venetiku zu të shqetësohej megjithë mend tani nga zgjerimi i fuqisë ottomane. Në Maj të vitit 1463, e tërë Bosnja u pushtua prej Turqvet, të cilët kërcënonin tash Raguzën dhe brigjet e Dalmacisë. Po n'atë prendverë, kumandari turk Omer Pasha u lëshua kundër zotërimevet të Venetikut n'Argolidë dhe shtiri në dorë qytetin e Argos. Kështu paqja me Shqipërinë po i sillte pemë të mira Mehmetit II.
Venetiku dhe Papa zunë të bënin një shtytje të madhe mbi Skënderben që ta prishte paqen me Turqit. S'do mend të kuptohet se Sulltan Mehmeti II, duke i propozuar paqen Skënderbeut pa kërkuar asgjë tjetër prej tij veçse të qëndronte në cakun e vet, desh t'i kishte duart e lira për t'i thyer brinjët Venetikut dhe Italisë. E kishte kuptuar se Skënderbeu ishte një kockë shumë e fortë për t'u thyer - një kockë që donte punë dhe nge - prandaj vendosi t'a linte përkohësisht mënjanë dhe të vazhdonte përparimin në drejtime të tjera. Venetiku e ndjeu gjallë këtë herë dhe përdori të gjithë dhelpërinë e zakonshme për t'a shtytur Skënderben që t'a prishte paqen dhe ta këthente përsëri rrebeshin turk kundrejt Shqipërisë. Se sa e ndjente tani Republika mungesën e Skënderbeut, kuptohet nga një letër që Senati i saj pregatiti për Papën, më 9 Shtator 1463, dhe nga shpjegimet që i dha legatit apostolik më 18 të Shtatorit. Në të dy rastet, theksohet rëndësia që kishte Skënderbeu për mprojtjen e Italisë dhe se shmangia e tij nga balli i luftës do të shkaktonte pa tjetër zbritjen e Turqve n'Itali. Republika shpreson se e ka tërhequr kryetrimin shqiptar nga paqja me Turqit, por i lutet Papës që të bëjë ç'është e mundur për të vënë në lëvizje shtete e princa t'Italisë (deri Dukën e Burgonjës), në mënyrë që Skënderbeu të ndihmohej me fuqi të mëdha ushtarake. Sepse ai ishte i vetëmi burrë që, sikur të ndihmohej siç duhej, do t'i bënte jo veç luftën më të rreptë armikut, po edhe shpresohej se mund ta përzinte fare nga Evropa.
Skënderbeu ra në kurth të politikës dinake të Venetikut dhe t'enthusiazmit të Papës Piu II, plani i të cilit, për organizimin e kryqëzatës, ishte vetëm një dëshirë e zjarrtë dhe jo një mendim politik i pjekur e i peshuar i një burrë-shteti. Kështu kryetrimi shqiptar iu përgjigj Papës dhe Venetikut se ishte gati t'a prishte paqen me Turqit nëqoftëse do të ndihmohej ushtarakisht nga Republika dhe do ta shihte t'afërt organizimin e kryqëzatës. Më në fund dërgoi në Venetik abatin e Shën Marisë së Rotecit për të biseduar kushtet e një aliance ushtarake kundër Turqisë. Marrëveshja u përfundua më 20 të Gushtit 1463. Sipas këtij traktati, Skënderbeu do t'a rifillonte luftën kundër Turqvet porsa të merrte nga Venetiku ndihmat ushtarake dhe financiare. Sasia e këtyre ndihmave do të caktohej prej Senatit të Republikës dhe prej abatit të Rotecit, që ishte i dërguari i Skënderbeut, dhe jo nga provizorët venetikas në Shqipëri. Republika detyrohej të dërgonte çdo vit, prej muajit Prill deri në Qërshor, dy anije lufte për të mprojtur bregdetin dhe popullsinë e Shqipërisë. Nëqoftëse Venetiku do të bënte paqe me Turqit, duhej të përfshinte edhe Shqipërinë n'atë traktat. I biri i Skënderbeut, Gjon Kastrioti, do të pranohej si qytetar në radhën e bujarëve të Venetikut, dhe Skënderbeu vetë, në rast rreziku, do të gjente këtu një strehë të sigurtë dhe do të ndihmohej për t'u rikthyer në vendin e tij. Pensioni duhej t'i paguhej rregullisht prej Senatit.
Siç shihet, kjo aliancë me Venetikun shënon një drejtim të ri në politikën e jashtëme të Skënderbeut. Ky i mbajti gjithnjë lidhjet e ngushta me Mbretërinë e Napolit, por desh t'i shtrinte sigurimet e tija edhe nga ana e Republikës së Shën-Markut, e cila ishte e para fuqi e detit n'atë kohë. Të gjithë kërcënohëshin nga i njëjti rrezik dhe, sipas Skënderbeut, duhej t'i bashkonin fuqitë e tyre për të njëjtën mprojtje. Traktati i kryetrimit shqiptar me Venetikun ndryshon nga ai që pat lidhur me Alfonsin V, më 1451. Ndërsa n'atë kohë Skënderbeu i nënshtrohej mbretit të Napolit duke e njohur për kryezot, marrëveshja me Venetikun bëhet si midis dy të barabartëve.
Në të njëjtën kohë, Venetiku nënshkroi edhe me Hungarinë një aliancë kundër Turqvet. Kështu u duk sikur fronti evropian po forcohej. Në Shqipëri, Republika dërgoi 1.300 ushtarë dhe 2.000 dukata për shpenximet e luftës, si edhe pensionin e vonuar të Skënderbeut. I biri i këtij, Gjoni, që ishte tetë vjeç, u emërua qytetar nderi dhe antar i Këshillit të Lartë të bujarëvet të Venetikut. Dhe Skënderbeu u njoh prej Republikës si kumandar i përgjithshëm i forcavet t'armatosura shqiptaro-venetikase në Shqipëri. Më në fund, edhe Lekë Dukagjini, i cili ishte armiqësuar përsëri, u këshillua prej Republikës që të pajtohej përgjithmonë me Skënderben, dhe prej kësaj here nuk luajti më.
Ndërkaq, në muajin e Nëntorit 1463, Papa Piu II e shpalli zyrtarisht kryqëzatën dhe iu bëri thirrje gjithë popujve të krishterë që të bashkohëshin. Venetiku iu përgjigj menjëherë thirrjes së Papës. Kryepeshkopi i Durrësit filloi të shtynte Skënderben dhe kapedanët e tjerë që të nisnin vepërimet kundër Turqvet. I gënjyer prej këtyre pregatitjeve, të cilat, fundi i fundit, ishin zhurma n'erë, Skënderbeu i shpalli luftë Turqisë, më 27 Nëntor 1463, dhe hyri në Maqedoni për të shkretuar pronat e Sulltanit.
Ky ishte ndoshta m'i madhi gabim politik i Skënderbeut, sikurse m'i tmerrshmi gabim ushtarak i tij pat qënë largimi i përkohshëm nga rrethimi i Beratit dhe lënia e kumandës në dorën e Muzakë Thopisë.
Princat e shtetet e Italisë dhe t'Evropës n'atë kohë shikonin seicili interesat e veta më të ngushta, rivalitetet ndërmjet tyre, politikën mistrece të përfitimit në gjërat më të vogla, dhe për njërin ose tjetrin rreziku turk ishte i nevojshëm nëqoftëse kërcënonte në vijë të parë kundërshtarin e tij. Papa Piu II këtë provë e kishte bërë në Kongresin e Mantovës më 1459. Po ashtu edhe këtë herë, princat dhe shtetet u tërhoqën njëri pas tjetrit. Mbreti Ferdinand i Napolit nuk desh të merrte pjesë. Duke vënë si shkak mungesën e atij, u tërhoq edhe Duka i Burgonjës. Duka i Milanos nuk mund t'afrohej në një lidhje ku ndodhej Venetiku. Kurse Firenca kish për qëllim të zëvendësonte në tregëtinë e Lindjes Republikën e Shën-Markut, prandaj donte që kjo të thyente kokën kundër Turqvet; e kështu me radhë. Përveç Skënderbeut nuk delte asnjë kampion për të marrë kumandën e mprojtjes së Krishterimit dhe të "qytetërimit" evropian. Megjithatë, planet në kartë nuk mungonin. Duke marrë dëshirën e tij për realitet, Piu II kishte menduar edhe sesi do të copëtohej Turqia e Evropës! N'atë rast, Maqedonia do t'i jepej Skënderbeut.
Ushtarët e kryqëzatës filluan të mblidhëshin turma turma nëpër limanet e Italisë. Ishin ca grumbuj të çthurur, pa njësim, pa organizim, pa kumandë të përbashkët. Mbasi nuk kish se kush t'iu printe, Papa Piu II shkoi vetë n'Ankonë e u vu në krye të tyre për t'i sjellë gjer në Raguzë. Atje do të piqej me Skënderben, i cili do të merrte kumandën e këtyre "trupave". Për fat të keq, Papa u sëmur dhe vdiq n'Ankonë, më 14 Gusht 1464. Atëhere turmat e kryqëzatës u shpërndanë pa e kapërcyer Adriatikun. Dogji i Venetikut Cristoforo Mor dhe Kardinalët mezi që prisnin për t'u kthyer andej nga kishin ardhur. Të hollat e mbledhura për kryqëzatën ia dërguan mbretit Mathias Korvin të Hungarisë. Kurse Skënderbeut i dërguan vetëm porosinë që të qëndronte i fortë kundër Turkut! Kështu i mori era si një cergë merimange të gjitha planet, ëndrrat, shpresat e thashethemet rreth kryqëzatës.
Pikërisht më 14 të Gushtit 1464, kur Papa Piu II vdiste n'Ankonë, Skënderbeu kishte mundur, afër Ohrit, një ushtëri turke të kumanduar prej Sheremet Beut. Tani mbetej vetëm për vetëm përballë Sulltan Mehmetit II, se nga politika dredharake dhe e pabesë e Venetikut s'mund të pritej asgjë. Venetiku bëri aq sa e largoi prej vehtes valën e sulmimit turk dhe e këtheu përsëri kundrejt Shqipërisë.
Thamë më sipër se Mehmeti II kishte sigurisht një plan kur i propozoi paqen Skënderbeut: sepse shmangia e këtij e bënte të pamundur formimin e një kryqëzate; dhe duke e lënë përkohësisht mënjanë Shqipërinë - e cila po i kushtonte shumë - fuqia turke mund të përparonte nga anë të tjera drejt Italisë, pasi t'i thyente më parë brinjët Venetikut. Por kur pa se Shqipëria nuk mënjanohej, dhe se pa dërrmuar më parë Skënderben nuk mund të përparonte më tutje, Sulltani i mblodhi të gjitha forcat e Perandorisë kundër këtij vendi, gjersa të digjte gur e dhe e t'a zhdukte me rrënjë racën shqiptare. Prandaj prej kësaj date, lufta shqiptaro-turke hyn në fazën më të tmerrshme, më të përgjakshme, më tragjike. Për ta shkretuar vendin me zjarr e me hekur, për t'ia shterrur burimet ekonomike dhe çdo forcë qëndrese njerëzore, Sulltan Mehmeti II ia ngarkoi kumandën e shpeditavet kundrejt Shqipërisë një renegati shqiptar, Ballaban Pashës, që çmohej si një nga gjeneralët më të zotë të perandorisë s'Osmanllinjvet. Ishte i biri i një bariu nga katundi Badera i Matit, e kishin marrë Turqit të vogël dhe ishte rritur në radhët e jeniçerëvet. Pat qënë i pari që i hyri Stambollit brenda, më 1453.
Sikur Skënderbeu të mos e kishte prishur paqen, por t'a linte Venetikun dhe tërë Italinë sa t'a ndjenin në mëlçi thikën e Turkut, nuk besohet që Sulltani t'a sulmonte Shqipërinë për dy-tre vjet të paktën. Pastaj kohë për t'u vrarë me Turkun kishte gjithmonë. Por kishte edhe një gjysëm-shprese që Italia, kur t'i ndjente thundrat e jeniçerëvet mbi tokën e saja, mund të zgjuhej, të vrumulisej, të nxirte forca të reja. Sidoqoftë, për Shqipërinë nuk do të bëhej më keq se sa u bë. Skënderbeu e dinte prej njëzet vjetëve eksperiencë se nga Venetiku dhe Italia s'delte gjë me të mirë. Dhe s'dolli pothuajse asgjë kur vetë Mehmeti II, në krye të një ushtërie prej 150.000 vetash dhe me artilerinë më të rëndë të kohës, erdhi dy vjet me radhë në Shqipëri për t'a bërë vendin që të mos mbinte as bar. Skënderbeu mundi t'a përballonte, por me eshtrat e Shqiptarëvet. Ndihmat e Venetikut dhe t'Italisë ishin për të mos u zënë me gojë. Atëhere përse e prishi paqen me Sulltanin dhe ç'kujtoi se do të fitonte nga Italia?
Në Prill të vitit 1465, arriti Ballabani me një ushtëri prej 18.000 vetash. Që në manevrat e para, u duk se ishte një mjeshtër i luftës. Ecte me të gjitha masat e sigurimit për të mos rënë më ndonjë kurth. U mundua të kapte ose të blinte pararojet e ushtrisë shqiptare për t'a zënë këtë në befasi. Skënderbeu e sulmoi dhe e mundi në fushën e Valkalisë, afër Ohrit. Por Ballabani dijti të tërhiqej pa humbje të mëdha e sidomos të kapte të gjallë tetë nga kumandarët më të mirë të Skënderbeut, nër të cilët edhe Moisi Golemin, me disa qindra ushtarë. Këta u shtynë tutje duke ndjekur ushtërinë e thyer turke dhe u futën në një grykë ku Ballabani iu kishte vënë pusinë. U përpoqën si burra t'a çanin rrugën, por ishte e pamundur dhe ranë pothuajse të gjithë të plagosur. Skënderbeu dërgoi menjëherë lajmëtarë se ishte gati të paguante çfarëdo çmimi për lirimin e tyre ose t'i shkëmbente me çfarëdo numri robërish turq, por Ballabani nuk dëgjoi kurrsesi dhe ia shpuri Sulltanit në Stamboll. Atje iu bënë torturat më barbare gjatë pesëmbëdhjetë ditëve duke i rrjepur të gjallë. Ata iu qëndruan mundimevet me një trimëri të pashembullt deri sa vdiqnë. Kjo ngjarje e hidhëroi tërë Shqipërinë dhe e bëri ushtërinë e Skënderbeut të pamëshirshme kundrejt Turqvet.
Në Qërshor t'atij viti, Ballaban Pasha erdhi për të dytën herë me një ushtëri të fortë, hyri nga anë e Ohrit dhe iu drejtua Dibrës. Thuhet se, sipas zakonit t'asaj kohe, i dërgoi Skënderbeut disa dhurata të çmuara. Ndonëse ky radhën e parë nuk i kishte pranuar dhuratat e një trathëtari, këtë herë i mbajti dhe i dërgoi nga anë e tij një krrabë dhe një kazmë për t'i kujtuar origjinën si bujk e bari i principatës së Kastriotëvet. I fyer keq, Ballabani u tërbua më tepër akoma kundër Skënderbeut. Duke blerë, si duket, disa nga rojet, u fut tinëz për t'a zënë ushtërinë shqiptare në gjumë përpara mëngjezit. Po Skënderbeu kish mbetur zgjuar dhe i vëzhgonte vetë lëvizjet e armikut. Me të ndier që Turqit po afrohëshin, e ngriti në këmbë ushtërinë e tij dhe e vuri në rregull për betejë. Kështu Ballabani u gjend përpara një befasie dhe desh të zmbrapsej. Por Skënderbeu, pa humbur kohë, i mori krahët dhe e shtrëngoi të jepte betejë. Këtë radhë ushtëria turke u dërrmua krejt, n'afërsitë e Oranikut, dhe i tërë kampi i saj mbeti në duart e Shqiptarëvet.
Por në Korrik t'atij viti, Ballabani iu vërsul Shqipërisë për të tretën herë, me një ushtëri prej 20.000 vetash, dhe e nguli kampin afër Sfetigradit. Skënderbeu e rrethoi nga disa anë të ndryshme dhe e goditi vrullshëm, në një përpjekje aq t'ashpër sa desh humbi jetën ai vetë në dy raste. Duke u hedhur si luani midis Turqve, u rrethua prej tyre dhe njëri e kapi për qafe me tërë forcën për t'a rrëzuar nga kali; por një ushtar i gardës, që ndodhi pranë, e vrau Anadollakun. Pak më vonë, ndërsa luftonte në mes t'armiqvet më të dëndur, siç thotë Barleti, kali i tij u plagos si duket ose u ndesh pas një trungu edhe u përmbys bashkë me të. Skënderbeu përpoqi rëndë kokën dhe krahun e djathtë, edhe mbeti disa çaste si i zalisur. Turqit kujtuan se mbaroi edhe u turrën mbi të që t'i merrnin kokën. Por garda e rrethoi si një mburojë çeliku dhe një luftë homerike u bë rreth trupit të tij. Më në fund, Skënderbeu e mblodhi vehten, u ngrit, i hipi një kali tjetër edhe u vërsul mbi armiqtë me hov të përsëritur duke iu kallur tmerrin. Kjo përleshje qe një nga më të rreptat, ku të dy anët luftuan me tërbim. Turqit u thyen keqas duke lënë shumë të vrarë, të plagosur dhe robër. Ballabani mezi shpëtoi me një pakicë. Po edhe shqiptarët patën humbje të rënda në këto tri beteja. Rrallë herë iu kishte qëlluar t'i paguanin kaq shtrenjtë fitoret e tyre.
Në Gusht t'atij viti, Sulltan Mehmeti dërgoi dy ushtëri kundër Shqipërisë, Ballaban Pashën me 24.000, i cili vinte për të katërtën herë nga anë e Maqedonisë, dhe Jakup Arnautin me 16.000, që vinte prej Epirit dhe hyri nga anë e Beratit. Qëllimi i dy ushtërive turke ishte që t'a vinin Skënderben midis dy zjarresh. Njëra nga lindja, tjetra nga juga, të dyja i drejtohëshin Krujës. Në Stamboll besohej se këtë herë Skënderbeu do të mbaronte. Por ky, i patronditur, me një ushtëri shqiptare prej 12.000 vetash rendi më parë kundër Ballabanit. E rrethoi, në fushën e Valkalisë, e shtrëngoi të jepte betejë dhe e dërrmoi plotësisht. Pas kësaj fitorje të përgjakshme, i erdhi lajmi se Jakup Arnauti po i qasej Tiranës. Skënderbeu u nis me të shpejtë kundër kësaj ushtërie të dytë, e sulmoi edhe e theu në fushën e Kasharit duke vrarë me dorën e tij edhe Jakup Arnautin. Në këto dy beteja mbetën shumë armiq të vdekur.
Pas humbjes së gjithë këtyre ushtërive, Sulltan Mehmeti II vendosi të vinte vetë në Shqipëri me të tëra forcat e Perandorisë Turke. Në Qërshor të vitit 1466, në krye të një ushtërie prej lart nga 150.000, erdhi nga anë e Maqedonisë dhe, duke zbritur luginën e Shkumbinit, arriti përpara Krujës. Përveç trupavet të jeniçerëvet, kishte sjellë të gjitha fuqitë e Anadollit dhe të Rumelisë. Kishte vendosur këtë radhë të mos linte gjë të gjallë në Shqipëri, as njerëz, as kafshë, as bimë, gjersa t'a shuante me rrënjë qëndresën shqiptare. Megjithëse ishin vrarë e dërrmuar, megjithëse nuk kishte mbetur pëllëmbë toke e papërgjakur, Shqiptarët treguan edhe këtë herë një shpirt heroizmi që i ka të rrallë shembujt në historinë e njerëzisë. Pa bukë, pa strehë, pa mjete, ata i lanë fushat e fshatrat edhe u tërhoqën malevet, ku zinin grykat e ngushta për t'u mprojtur gjer në vdekje kundër Turqvet.
Skënderbeu, edhe këtë herë, la në kështjellën e Krujës një fuqi prej 4.000 vetash, nën kumandën e Tanush Thopisë, kurse vetë qëndroi jashtë me 8.000 ushtarë, shumica kalorës, duke pasur si bazë malin e Tumenishtit. Kishte lënë garnizone me një sasi ushqimesh dhe municionesh në të gjitha fortesat. Iu kishte bërë thirrje për ndihmë Romës, Napolit, Venetikut, Raguzës dhe deri Hungarisë. Por nga të gjitha anët i erdhën pothuajse vetëm fjalë të mira. S'i mbetej tjetër shpresë veçse mbështetja e popullit shqiptar, i cili u tregua i lidhur si shkëmb rreth tij.
Në këtë rrethim të dytë të Krujës, Skënderbeu ndoqi të njëjtën strategji dhe të njëjtat mënyra taktike si në rrethimin e parë. Mehmeti II, që kishte me vehte edhe Ballaban Pashën, me një pjesë t'ushtërisë shtrëngoi rrethimin e qytetit dhe pjesën tjetër e përdori për t'u mprojtur kundrejt goditjevet të Skënderbeut dhe për të ndjekur çetat shqiptare që iu binin Turqvet prapa krahëvet. E rrahu fortesën me topat më të rëndë, provoi të hapte llagëme nën tokë dhe bëri shumë herë sulme të përgjithshme që u prapsën me humbje të mëdha nga mprojtësit heroikë të Krujës. Skënderbeu, së jashtëmi, s'e linte të qetë ushtërinë rrethonjëse as ditë as natë; me goditje të rrufeshme, binte përherë si shqipe atje ku Turqit nuk e pritnin, i shkatërronte, i tmerronte, iu priste prapavijat, iu kapte nozullimet, iu përmbyste planet dhe iu shkaktonte dëme të mëdha. Pas dy muajsh rrethimi, Sulltan Mehmeti II, që i drejtonte vetë vepërimet ushtarake, u bind se Kruja nuk mund të merrej veçse nga uria. Prandaj, në Gusht t'atij viti, pushtonjësi i Stambollit u shtrëngua të largohej me turp nga fusha e Krujës, por la aty Ballaban Pashën me 80.000 ushtarë për t'a mbajtur qytetin të rrethuar gjersa të jepej nga uria.
Për t'i siguruar ushtërisë turke një bazë të fortë në Shqipërinë e Mesme, Mehmeti II ndërtoi mbi gërmadhat e Valmit të vjetër, në luginën e Shkumbinit, një fortesë të re të cilën e quajti Elbasan. Këtë e bëri njëkohësisht edhe si qendër sanxhaku duke lidhur me të një pjesë të krahinavet që deri atëhere varëshin nga sanxhaku i Shqipërisë me kryeqendër Gjirokastrën. Elbasani do t'ishte kështu e tutje baza e vepërimevet ushtarake që do të vazhdonin kundër shtetit të Skënderbeut. Gjatë ndërtimit të fortesës, ushtëria turke e plaçkiti dhe e shkretoi vendin rreth e rrotull duke vrarë çdo burrë që i ra në dorë dhe duke marrë robër gra e fëmijë. Kur po largohej nga Shqipëria, Mehmeti II pushtoi qytetin e Kidhnës, afër Drinit, dhe vrau barbarisht 20.000 burra, gra, pleq e fëmijë që ishin mbledhur aty prej fshatrave rreth e qark. Kështu u kthye në Stamboll i ngopur me gjak, por i paqetë sepse Skënderbeu dhe Shqiptarët qëndronin akoma.
Ballaban Pasha ndërtoi mure të jashtëm për t'u mprojtur prej sulmeve të Skënderbeut. Kruja ndodhej në rrezik. Vendi ishte bërë gjak e shkretirë. Ngado që kaloi ushtëria e Mehmetit II s'kishte mbetur gjë e gjallë në këmbë. Zia e bukës kërcënonte popullsinë. Radhët e ushtërisë shqiptare ishin rralluar, djemtë e rinj ishin vrarë. Mungonin mjetet, armët, municionet.
Skënderbeu iu pat bërë thirrje aliatëvet të Perëndimit, por s'i kishte ardhur asnjë ndihmë e rëndësishme. Atëhere vendosi të hidhej vetë n'Itali për t'iu kërkuar ndihmë Papës dhe mbretit të Napolit. Ky burrë i madh i Shqipërisë, figura legjendare e shekullit, që pesë vjet më parë, i ndritur me lavdi, kish kapërcyer Adriatikun për të vënë paqen n'Italinë jugore, po vinte tani si kalorës i thjeshtë, i veshur me petkun e luftës, për të kërkuar ndihmën e asaj bote së cilës i qe bërë mburojë. Shpirtmadh në vuajtje sa edhe në ngadhënjim, asnjë hije shqetësimi s'ia vrënjte vijat fisnike t'asaj fytyre të bukur patriarku. Më 12 Dhjetor 1466, arriti në Romë, ku iu bë prej popullit një pritje e denjë për emrin që kishte. Porsa u muar vesh ardhja e tij, një shumicë e panumërt qytetarësh buçiti përjashta për t'a parë me sy, për t'a nderuar, për t'a brohoritur si kryemprojtësin e Krishterimit, fama e të cilit kishte mbushur botën. Papa Pali II e priti me shumë nderime edhe u çudit me pamjen e tij madhështore. Pastaj e nxori përpara mbledhjes së Kardinalëvet, ku Skënderbeu tregoi rrezikun që kërcënonte Shqipërinë dhe Italinë njëheresh, rolin që kishte lozur Shqipëria në mprojtjen e Evropës dhe nevojën e ngutshme për ndihma. Pali II, përveç nderimevet dhe një shpate të bekuar, nuk i dha ndonjë ndihmë të rëndësishme. Pas një muaji bisedimesh të gjata, fatosi ynë mezi shkëputi prej financavet të Vatikanit 5.000 dukata dhe 2.700 të tjera iu dërguan më vonë në Shqipëri.
Nga Roma, Skënderbeu shkoi në Napoli ku u prit përzemërsisht dhe me mirënjohje prej mbretit Ferdinand. Por as ky nuk i dha ndonjë ndihmë të madhe përveç një sasie ushqimesh e municionesh dhe 1.000 dukata.
Në fillim të Prillit 1467, Skënderbeu u kthye në Shqipëri, i bindur se s'kish ku të pështetej veçse në forcat e popullit shqiptar, të cilit iu drejtua për të bërë theroritë e fundit. Lek Dukagjini me kumandarin venetikas të Shkodrës kishin mbledhur një fuqi prej malësorësh dhe prej qytetevet shqiptare që ishin nën Venetikun. Kjo fuqi iu shtua ushtërisë së Skënderbeut, e cila arriti në 14.000 veta. Me këtë, kryetrimi duhej të shpëtonte Krujën nga rreziku. Kur po pregatitej t'i binte Ballabanit, mësoi se i vëllaj i këtij, Jonuzi, po vinte me një tjetër ushtëri turke për të forcuar rrethimin e Krujës. Por Skënderbeu s'e la t'afrohej, e sulmoi edhe e dërrmoi duke zënë të gjallë Jonuzin bashkë me të birin Hajdar. Pastaj theu një varg fortifikatash që Ballabani kishte bërë për t'u mprojtur. I tregoi këtij të vëllanë dhe të nipin të lidhur me hekura edhe u vërtit nga jashtë mbi ushtërinë turke, ndërsa garnizoni i Krujës bëri një dalje heroike duke e goditur armikun përballë. N'atë përpjekje të tmerrshme, Ballaban Pasha u vra prej një ushtari nga Kruja i quajtur Gjergj Aleksi, ushtëria turke u thye dhe u tërhoq e shpartalluar. Pastaj mezi çau grykat e malevet për t'ikur, e ndjekur kudo prej Shqiptarëvet. Skënderbeu i spastroi disa garnizone armike të mbetura aty-këtu dhe rrethoi Elbasanin, por s'e mori dot mbasi nuk kishte artileri të mjaftë.
Sulltan Mehmeti II, i egërsuar nga këto ngjarje, u nis vetë përsëri kundër Shqipërisë, në Korrik të vitit 1467, hyri me të gjitha ushtëritë e tija dhe e rrethoi Krujën për të tretën herë. Ishte një luftë shkatërrimi, djegie, çfarosjeje. Sulltani la garnizone në shumë pika të Shqipërisë së Mesme dhe sulmoi njëkohësisht qytetet që mbante Venetiku, Durrësin, Leshin, Shkodrën, për t'ia prerë vendit çdo mundësi ndihme nga anë e detit. Skënderbeu vazhdoi taktikën e vjetër, Kruja iu qëndroi topavet më të rëndë dhe sulmevet më të tërbuara, Shqiptarët treguan të njëjtin shpirt heroizmi si më parë. Pjesa m'e madhe e ushtërisë turke u lëshua për të shkretuar vendin. Popullsia ikte, fshihej, tërhiqej e tmerruar. Kushdo që u kap i gjallë, u ther pa mëshirë. Disa grupe që mundën, u mërguan n'Itali. Por shumica e popullit u tërhoq nëpër vendet e forta duke qëndruar me armë në dorë gjer në vdekje. Trupat turke të stërvitura në luftën e malevet u vunë të ndiqnin Shqiptarët deri në lartësitë më të thepisura, por këta iu qëndruan me një trimëri të pashoqe edhe i prapsën me humbje. Nga shkrimet e kronikanëvet turq, Dursun Beu dhe Qemal-Pasha-Zadeja, dhe nga ato të kronikanëvet bizantinë turkofilë, Kritobuli dhe Laonik Halkokondili, kuptohet se sa t'ashpra, plaçkitëse dhe gjakderdhëse qenë këto dy shpedita të Sulltan Mehmetit II dhe se sa heroike u dëftye qëndresa e Shqiptarëvet, që çuditi tërë botën e atëhershme. Shqiptarët - tregon Kritobuli - hidhëshin nga majat e shkëmbenjvet për të mos rënë të gjallë në duart e Turqvet. Pas disa sulmeve të fundme që bëri Mehmeti II kundër Krujës dhe Durrësit, në muajin e Gushtit, dhe pasi e pa se ndjekja e Shqiptarëvet po i shkaktonte humbje shumë të rënda ushtërisë së tij, u shtrëngua të largohej nga Shqipëria për të dytën herë dhe të këthehej i turpëruar në Stamboll. Por la garnizone nëpër fortesat dhe trupa në kufi. Këto dy tërheqje të pushtonjësit të Stambollit, që u zmbraps përpara Krujës dy vjet me radhë, ishin si dy kurora lavdie shumë të ndritura për Skënderben dhe për kombin shqiptar. Por vendi ishte prishur, djegur e shkretuar. Popullsia ishte vrarë e gjymtuar. Mungonin ushqimet, mungonte gjithëçka. Darët e hekurta turke rreth Shqipërisë së Mesme po shtrëngohëshin. Fortesavet të tjera që ndodhëshin në duart e armikut, Sfetigradit, Beratit, Modricës, iu shtohej tani edhe Elbasani. Kjo bazë e fundit turke e shqetësoi fort Republikën e Venetikut sepse prej Elbasanit kërcënohej Durrësi drejtpërdrejt; sidomos që Turqit kishin në dorë edhe Vlorën. Skënderbeu shpresonte se do të kishte ndihmën e Republikës për të marrë Elbasanin. Pasi i spastroi disa nga garnizonet që kishte lënë Mehmeti II, iu përvesh punës për të mbledhur fuqi të tjera dhe për të pregatitur rrethimin e Elbasanit. Po për këtë duhëshin mjete, dhe gjendja e vendit ishte tepër e keqe. Prandaj vendosi të thërriste në Lesh, në Jenar të vitit 1468, një kuvend të krerëvet shqiptarë, ashtu siç pat bërë më 1444. Ftoi edhe delegatët e Venetikut për t'iu kërkuar një ndihmë më të madhe nga ajo që po jepte tani Republika.
Kuvendi u mblodh, por Skënderbeu u sëmur nga ethet. Kur ishte keq në shtrat, një ushtëri turke erdhi nga Kosova nëpër malet me dëborë dhe rrethoi Shkodrën. Kryetrimi provoi të ngrihej për të fundmen herë dhe të rrokte shpatën, por i mungoi fuqia. Garda pretoriane shkoi këtë herë pa kumandarin, por Turqit e pandehën në krye të saj edhe u thyen. Kur i erdhi lajmi i fitores, Skënderbeu ishte në çastet e fundit. Vdiq më 17 Jenar 1468, i rrethuar me dritë dhe lavdi të përjetëshme. U varros në kryekishën e Shën-Kollit, në Lesh. "Si Ajaksi i Sofokliut, shkruan historiani Fallmerayer, Skënderbeu u hoq nga skena përpara se të mbaronte akti i tretë dhe i fundmë i tragjedisë shqiptare".